19 Mar 2020
ORIGINI DEL CORONAVIRUS: L'ANALISI DEL GENOMA SUGGERISCE CHE DUE VIRUS POTREBBERO ESSERSI COMBINATI
Posted by Forrest Group Minerva
Creato: 19 Marzo 2020

Origini del coronavirus: l'analisi del genoma suggerisce che due virus potrebbero essersi combinati

Nel giro di poche settimane, abbiamo imparato molto sulla COVID-19 e sul virus che la causa: il SARS-CoV-2. Ma ci sono state anche molte voci. 

E mentre il numero di articoli scientifici su questo virus è in aumento, ci sono ancora molte aree grigie per quanto riguarda le sue origini.

In quali specie animali si è verificato? Un pipistrello, un pangolino o un'altra specie selvatica? Da dove proviene? Da una grotta o una foresta, nella provincia cinese di Hubei, o altrove?

gif covid caverna 01L'origine del virus che causa la Covid-19 non è ancora chiara: una grotta, la foresta ...
Nel dicembre 2019, 27 delle prime 41 persone ricoverate in ospedale (66%) hanno attraversato un mercato situato nel cuore della città di Wuhan, nella provincia di Hubei. Ma, secondo uno studio condotto presso l'ospedale di Wuhan, il primo caso umano identificato non ha frequentato questo mercato. Invece, una stima della datazione molecolare basata sulle sequenze genomiche del SARS-CoV-2 indica un'origine a novembre. Ciò solleva interrogativi sul legame tra questa epidemia della COVID-19 e la fauna selvatica.

Dati genomici

Il genoma del SARS-CoV-2 è stato rapidamente sequenziato dai ricercatori cinesi. È una molecola di RNA, di circa 30.000 basi, contenente 15 geni, incluso il gene S che codifica per una proteina situata sulla superficie dell'involucro virale (per confronto, il nostro genoma è sotto forma di una doppia elica del DNA di circa 3 miliardi di basi, in dimensione, e contiene circa 30.000 geni).

Analisi genomiche comparative hanno dimostrato che il SARS-CoV-2 appartiene al gruppo dei Betacoronavirus e che è molto simile al SARS-CoV, responsabile di un'epidemia di polmonite acuta che è apparsa nel novembre 2002, nella provincia cinese del Guangdong, e poi si è diffusa in 29 paesi nel 2003. Sono stati registrati 8.098 casi, di cui 774 decessi. È noto che i pipistrelli del genere Rhinolophus (potenzialmente, diverse specie cavernicole) erano il serbatoio di questo virus e che un piccolo carnivoro, lo zibetto di palma (Paguma larvata), potrebbe essersi comportato da ospite intermedio tra i pipistrelli e i primi casi umani.

Da allora, molti Betacoronavirus sono stati scoperti, principalmente nei pipistrelli, ma anche nell'uomo. Ad esempio, RaTG13, isolato da un pipistrello della specie Rhinolophus affinis pipistrello raccolto nella provincia cinese di Yunan, è stato recentemente descritto come molto simile al SARS-CoV-2, con sequenze di genomi identiche al 96%. Questi risultati indicano che i pipistrelli, e in particolare le specie del genere Rhinolophus affinis pipistrello, costituiscono il serbatoio dei virus SARS-CoV e SARS-CoV-2.

Ma come si definisce un serbatoio? Un serbatoio è costituito da una o più specie di animali che non sono sensibili al virus, o lo sono poco, e che naturalmente ospitano uno o più virus. L'assenza di sintomi della malattia è spiegata dall'efficacia del loro sistema immunitario, che consente loro di combattere la troppa proliferazione virale.

Meccanismo di ricombinazione

Il 7 febbraio 2020, abbiamo appreso che un virus, ancora più vicino al SARS-CoV-2, era stato scoperto nel pangolino pangolino. Con il 99% della concordanza genomica riportata, ciò ha suggerito un serbatoio più probabile rispetto ai pipistrelli. Tuttavia, un recente studio (attualmente sotto esame) mostra che il genoma del coronavirus isolato dal pangolino pipistrello malese (Manis javanica) è meno simile al SARS-Cov-2, con solo il 90% della concordanza genomica. Ciò indicherebbe che il virus isolato nel pangolino pangolino non è responsabile dell'epidemia della COVID-19 che al momento infuria.

Tuttavia, il coronavirus isolato dal pangolino pangolino è simile al 99% in una particolare regione della proteina S, che corrisponde ai 74 aminoacidi coinvolti nel dominio del recettore ACE (Enzima Convertitore dell'Angiotensina 2 [ACE2]), che consente al virus di penetrare nelle cellule umane per infettarle. Al contrario, il virus RaTG13, isolato dal pipistrello Rhinolophus affinis pipistrello, è altamente divergente in questa regione specifica (solo il 77% di somiglianza). Ciò significa che il coronavirus isolato dal pangolino pangolino è in grado di penetrare nelle cellule umane, mentre quello isolato dal pipistrello Rhinolophus affinis pipistrello non lo è.

Inoltre, questi confronti genomici suggeriscono che il virus SARS-Cov-2 è il risultato di una ricombinazione tra due diversi virus, uno vicino al RaTG13 e l'altro più vicino al virus del pangolino pangolino. In altre parole, è una chimera tra due virus preesistenti.

Questo meccanismo di ricombinazione era già stato descritto nei coronavirus, in particolare per spiegare l'origine del SARS-CoV. È importante sapere che la ricombinazione provoca un nuovo virus potenzialmente in grado di infettare una nuova specie ospite. Perché si verifichi la ricombinazione, i due virus divergenti devono aver infettato contemporaneamente il medesimo organismo.

Due domande rimangono senza risposta: in quale organismo è avvenuta questa ricombinazione? (un pipistrello, un pangolino o un'altra specie?) E soprattutto, sotto quali condizioni ha avuto luogo questa ricombinazione?

Alexandre Hassanin - March 19, 2020 3.32am NZDT
Maître de Conférences (HDR) à Sorbonne Université, ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Muséum national d’histoire naturelle (MNHN)

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Tratto da:
https://theconversation.com/coronavirus-origins-genome-analysis-suggests-two-viruses-may-have-combined-134059


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